Οι απαρχές της εκκλησιαστικής οργάνωσης των επαρχιών της Μεσευρώπης στα πλαίσια του κλίματος του Οικουμενικού Πατριαρχείου ανάγονται στην ίδρυση της Μητρόπολης Κεντρώας Ευρώπης (15.04.1924) με πρώτο Μητροπολίτη τον από Αμασείας Γερμανό Καραβαγγέλη, γνωστό εκτός της εκκλησιαστικής και από την εθνική του δράση στο Μακεδονικό Αγώνα ως Μητροπολίτη Καστοριάς.
Μετά το θάνατο του Γερμανού (11.2.1935) στο Μπάντεν της Κάτω Αυστρίας η Μητρόπολη Κεντρώας Ευρώπης καταργήθηκε και συγχωνεύθηκε στην Αρχιεπισκοπή Θυατείρων του Οικουμενικού Πατριαρχείου.

Με Συνοδικό Τόμο το Οικουμενικό Πατριαρχείο ίδρυσε το 1963 την Μητρόπολη Αυστρίας κι Εξαρχία Ιταλίας, Ελβετίας κι Ουγγαρίας με έδρα τη Βιέννη.
Σήμερα ανήκουν στη δικαιοδοσία της Μητρόπολης η Αυστρία κι η Εξαρχία της Ουγγαρίας. Τον Ιούνιο του 1967 το Κοινοβούλιο της Αυστρίας ψήφισε το λεγόμενο «Νόμο περί των ορθοδόξων». Με τον Ομοσπονδιακό Νόμο 229/23 αναγνωρίστηκε και κατοχυρώθηκε η θεσμικά η θέση της Ορθόδοξης Εκκλησίας στην Αυστρία και του Μητροπολίτη Αυστρίας ως του μόνου νόμιμου, υπεύθυνου κι επίσημου εκπροσώπου όλων των Ορθοδόξων έναντι του κράτους.
Με τον ίδιο νόμο αναγνωρίστηκαν ως νομικά πρόσωπα δημοσίου δικαίου οι από αιώνες υφιστάμενες εκκλησιαστικές Κοινότητες του Αγίου Γεωργίου και της Αγίας Τριάδας.
Μετά την ίδρυση της Μητρόπολης πρώτος ποιμενάρχης εξελέγη ο επίσκοπος Θερμών Χρυσόστομος ο Τσίτερ και μετά την παραίτησή του σε προχωρημένη ηλικία εξελέγη ο από Χριστουπόλεως Μιχαήλ ο Στάϊκος.
Ο Μητροπολίτης Αυστρίας Μιχαήλ είναι παράλληλα Έξαρχος Ουγγαρίας και διαδραματίζει σημαντικό και πρωτοποριακό ρόλο στην οικουμενική κίνηση.